1962年，日浜湾。日军摧毁了又一只巨型怪兽，年轻的古生物学家本田浩（Hiro Honda）教授救下了它的后代，并迅速将这颗神秘的红色蛋带到了俄亥俄州辛辛那提市（Ohio，在日语中意为“你好”）的安全地带。然而，飞机抵达后，本田教授不小心将蛋冲进了马桶。蛋消失在俄亥俄河中，而当时一群物理学家正在辛辛那提市地下500层楼的秘密核地下设施SNUGI测试“超级裂变”能量。SNUGI是政府秘密核设施。
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